Clostridioides difficile é um agente patogénico oportunista capaz de causar desde condições assintomáticas até doenças clínicas graves, representando uma significativa ameaça à saúde pública devido às suas elevadas taxas de mortalidade e aos substanciais custos associados aos cuidados de saúde. Os tratamentos tradicionais, incluindo antibióticos, muitas vezes falham em erradicar a infeção, o que leva a recorrências que afetam de forma significativa a qualidade de vida dos pacientes. O transplante de microbiota intestinal (TMI) surgiu como uma estratégia eficaz para a descolonização de agentes patogénicos, demonstrando segurança e eficácia, especialmente no tratamento de infeções recorrentes por Clostridioides difficile. Apesar do seu grande potencial, o acesso ao TMI é limitado devido a questões de segurança, desafios logísticos e à ausência de diretrizes claras, o que destaca a necessidade urgente de bancos de microbiota intestinal (BMI). Estas estruturas são essenciais para a recolha, rastreio, processamento e distribuição das preparações de microbiota intestinal, facilitando, assim, a implementação clínica do TMI. Nesta revisão narrativa, discutimos a relevância da aplicação do TMI no tratamento de infeções recorrentes por C. difficile na Europa, com especial enfoque em Portugal. Destacamos a existência e distribuição dos BMI na Europa e a sua importância na melhoria do acesso ao TMI. Esta revisão aborda também os desafios da criação de um BMI em Portugal, destacando a importância de um repositório centralizado de preparações de microbiota padronizadas e de alta qualidade, tornando o TMI acessível aos hospitais nacionais. Adicionalmente, sublinha a necessidade de sensibilizar os profissionais de saúde e o público em geral para apoiar a adoção mais ampla do TMI.

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